有关化工专家指出，加入世界贸易组织后我国化肥行业面临不少问题，与发达国家存在巨大差距。　　

一、有效能力不足，结构性过剩较为严重。我国化肥生产总量已相当大，在1997年起国家停止进口氮肥的情况下，氮肥已基本满足需要，磷钾肥进口仍占相当的比例。氮肥总量虽已很大，但如果放开进口，进口量必须大幅上升，国产氮肥的有效能力仍不足；大量进口的磷肥品种也是我国能力不足的高浓度品种。按国家有关部门统计，每年化肥进口的比重都在15%-35%间。2000年，我国施用化肥总量共4146.34万吨，其中国产化肥总量3396.2万吨，进口化肥1109万吨，进口化肥占化肥消费量的26.3%，占施肥量的26.7%。　　

二、产品结构不尽合理。一是化肥产品中氮磷钾比例失调。我国化肥行业的产品结构尚不适应农业发展的需要。钾肥由于资源限制 ，国产量小，从施用比例看，仍然与农业部的要求和国际水平有较大的差距。但从磷肥考虑，我国是一个有磷资源的国家，磷肥的生产比例还是不够。二是高浓度的化肥比例不高。低浓度化肥在总量中仍占有相当大的比重，2001年化肥产品中高浓度产品的产量只占50%。三是化肥施用的复合化程度和科学施肥的水平低。我国目前化肥的复合化施用率约为30%，其中氮肥不到10%，磷肥不到30%，而发达国家氮肥的50%，磷、钾肥的90%都是以掺混、复混或液体肥料等复合化形式施用，化肥施用大多尚不能做到平衡施肥，化肥利用率低于发达国家。　　

三、原料结构先天不足。我国氮肥工业的原料以煤为主。无烟煤、焦炭在我国的合成氨原料结构中占62%，轻油占5%，天然气仅占21%。磷资源丰而不富、品位低。可直接用于生产高浓度磷复肥的优质磷矿仅占我国磷资源的6.6%左右，且集中在西南云、贵两地。为磷肥工业配套的硫资源供应矛盾突出。国际上以硫磺为原料的硫酸产量占总硫酸产量的80%以上，而我国硫铁矿制酸的产量占硫酸产量的43.5%，而硫磺制酸的产量比例为22.3%。可溶性钾盐资源缺乏。钾肥生产的原料结构比较单一，天然硫酸钾和硝酸钾资源更是缺乏，硫酸钾除了少量采用明矾石生产外，几乎全部利用氯化钾作为原料进行转化。　　

四、企业结构不合理，产业集中度低。我国小化肥企业的数目远远超过大中型化肥企业。小氮肥厂占氮肥总厂数的80%，而产量仅占尿素总产量的43%；小磷肥厂占磷肥总厂数的79%，占磷肥总产量的60%以上。小化肥开工率一般仅为60%左右。53家中型氮肥厂规模一般是合成氨6-20万吨/年，尿素规模在13-30万吨/年；近5万多家小氮肥厂平均每厂的合成氨规模约3万吨/年，单系列能力达到6万吨/年合成氨以上的装置较少。　　

五、技术水平不高。我国化肥工业经过几十年的发展，通过引进技术、消化吸收、自主开发等措施、在科研、生产、设计等方面取得了长足的进步，但我国化肥行业的整体技术进步较慢，创新能力不强，自主知识产权的技术很少，部分企业采用国产技术和设备的积极性不高，造成许多项目投资高，制约了化肥工业的发展。氮肥行业中大型厂的关键技术和设备主要依赖引进，主要装置均达到了国际二十世纪80年代或90年代初的水平。中型氮肥厂在某些技术上也取得了许多成果，如低能耗溶液脱碳、轴径向合成塔等，能耗、消耗有较大的下降，但与国际先进水平相比尚有一定的差距。小氮肥厂则大部分生产规模小、能耗和成本高。磷肥行业的总体技术及装备水平较低。尽管"七五"以来国家引进了一批大中型的磷复肥骨干企业，并开发了料浆法磷铰、磷石膏制酸、20万吨国产化硫酸等技术装备，对于提高我国磷复肥工业的技术和装备水平起到了积极作用，磷复肥行业的国产化技术水平有了很大的提高。但是大型装置的国产化步伐还不够快，磷复肥行业的自行技术设计及装备国产化水平还不能适应当前重点加快磷复肥工业发展的需要。　　

六、投资结构不尽合理。一是化肥项目配套投资大。我国化肥企业人同多，社会负担重，造成许多项目投资结构不尽合理。尤其是新建企业，配套的厂外工程及生活福利设施及投资占了相当大的部分。二是化肥行业利用外资过多。近几年来利用世行、亚行、国际金融组织贷款的大中型项目，多数利用外资，引进范围过大，投资高。　　

七、布局不尽合理。在计划经济体制下，氮肥工业是按照区域平衡或省内平衡的思路建设的，且大多是低浓度肥料，造成了一些氮肥工厂毫无资源肥料，造成了一些氮肥工厂毫无资源优势，原料运距较远。近几年有关方面已经注意到将产能集中到靠近资源产地，如山西、山东和河南(煤资源)、四川、宁夏(天然气资源)等省区，但工业布局仍需进一步合理化。　　

除了以上工业方面的问题以外，对于化肥行业来说，流通领域还存在市场秩序混乱、销售过程中的延伸服务意识差等问题。在化肥的施用方面，我国的科学种田，平衡测土施肥，提高化肥利用率，减少化肥对环境的污染等方面与世界先进国家也还有很大的差距。